Bonanza Version 4.0.4 はCygwinでもコンパイル可能

でした。
特に困ることはありません。

$ gcc --version
gcc (GCC) 3.4.4 (cygming special, gdc 0.12, using dmd 0.125)
Copyright (C) 2004 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

$ make --version
GNU Make 3.81
Copyright (C) 2006 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.
There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
PARTICULAR PURPOSE.

This program built for i686-pc-cygwin

$ make -f Makefile gcc
make CC=gcc CFLAGS='-O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING' LDFLAG1='-lm -lpthread' bonanza
make[1]: Entering directory `/home/hoge/bonanza_v4.0.4/src/bonanza'
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING data.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING main.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING io.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING proce.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING utility.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING ini.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING attack.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING book.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING makemove.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING unmake.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING time.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING csa.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING valid.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING bitop.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING iterate.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING searchr.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING search.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING quiesrch.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING evaluate.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING swap.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING hash.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING root.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING next.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING movgenex.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING genevasn.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING gencap.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING gennocap.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING gendrop.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING mate1ply.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING rand.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING learn1.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING learn2.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING evaldiff.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING problem.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING ponder.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING thread.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING sckt.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING debug.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING mate3.c
gcc -c -O3 -Wall -DNDEBUG -DMINIMUM -DTLP -DMPV -DCSA_LAN -DNO_LOGGING genchk.c
gcc -lm -lpthread -o bonanza data.o main.o io.o proce.o utility.o ini.o attack.o book.o makemove.o unmake.o time.o csa.o valid.o bitop.o iterate.o searchr.o search.o quiesrch.o evaluate.o swap.o hash.o root.o next.o movgenex.o genevasn.o gencap.o gennocap.o gendrop.o mate1ply.o rand.o learn1.o learn2.o evaldiff.o problem.o ponder.o thread.o sckt.o debug.o mate3.o genchk.o
make[1]: Leaving directory `/home/hoge/bonanza_v4.0.4/src/bonanza'

$ mv ../../winbin/*.bin .

$ ./bonanza
Bonanza Version 4.0.4 - The Computer Shogi Program
Trans. Table Entries = 768K (12MB)
cleanning the transposition table ... done ( 0.04s)
book.bin found
hash.bin found
rand seed = 53967104
Black 1>